Le specie tutelate dalla Direttiva Habitat nella zona dei Laghi sono sette:
Spatula querquedula - Marzaiola
Ardea purpurea - Airone rosso
Circus pygargus - Albanella minore
Milvus migrans - Nibbio bruno
Nycticorax nycticorax - Nitticora
Rana latastei -Rana di Lataste
Triturus carnifex -Tritone crestato italiano
